Gert-Jan werkt sinds 1998 bij Stichting Bargerveen aan onderzoek naar herstel van veensystemen en andere wetlands. Daarbij richt hij zich vooral op de gevolgen van aantastingen (ontginning, stikstofdepositie, verzuring, verdroging) en herstelmaatregelen op de landschapsecologische relaties, biodiversiteit (vegetatie en fauna) en koolstofhuishouding van veengebieden. Zo werkt hij momenteel onder andere aan de betekenis die vernatting van overgangszones en paludicultuur kunnen hebben voor het herstel van veenlandschappen, hun biodiversiteit en andere ecosysteemdiensten.
Daarnaast werkt hij aan onderzoek en monitoring van effecten van revitalisering (door steenmeeltoepassing of rijk strooiselsoorten) op de bodemfauna van droge bossen.
Vanuit zijn expertise is hij lid van het OBN deskundigenteam Nat Zandlandschap.